每个玩家初始会有一次选择流派的机会，选定流派后就可以学习该流派的秘技和奥义。《太阁立志2》中一共有11个流派可供玩家选择（分别是：宝藏院流、佐分利流、二天一流、冈吉流、林崎梦想流、柳生新阴流、体舍流、新阴流、香取神道流、严流、一刀流），每个流派中都有6个技能和一个奥义，不同的流派技能有不同的效果。如果玩家想学习其他流派技能，需要在一将讨中去打掉落的残页，合成残页后方可学习其他流派的技能。

      玩家通过自己的实际情况，可以任意搭配一个秘技和一个奥义技能，不同搭配不同效果，战斗结果也不尽相同。