游戏左上角​点击进入副本界面，挑战副本中分为7种副本提供玩家挑战。

扬帆起航：

    杨帆起航是根据主线延展的主线副本，玩家可以在通过杨帆起航副本后免费抽取卡片。

 组队副本：

组队副本中玩家可以组队进入，人数越多副本掉落的装备及宝箱越多，不同副本掉落不同角色的专属装备。是专属装备主要产出地之一。

 海贼名人：

 海贼名人总共3种模式，简单、普通、困难。每种模式分别100关，系统将记录玩家挑战的最高关次，每天重置关卡，玩家可以花费少量金币扫荡。挑战成功后可以获得大量阅历以及卡片升星材料。简单模式首次过关更有大量金币奖励。

 野外boss：

 野外boss24小时刷新，掉落专属装备以及大量升阶材料。

活动副本：

   活动副本可以获得正义值，正义值可在商城兑换材料

海军本部：

 8星莫利亚及 9星奥兹boss，超强攻击超高血量超高爆率，是目前除特殊活动外最大的boss。挑战难度大。

空岛求生：

   75级开启，每日总波数大小排名获得排名奖励----空贝。  空贝可用来改造装备，使装备获得大量的额外属性。